ナンバープレートが付いている場合は、125ccc以下のバイクであればナンバーに記載されている市区町村の税務課に問い合わせると、所有者を教えてもらうことはできませんが、税務課の職人の方から所有者に連絡をしてもらえることがあります。そうすることで問題をスムーズに解決できる場合もあります。
しかし、ナンバープレートが付いていないとその方法も使えないので、まずは警察へ連絡をしてください。確かに個人の所有地に置かれたバイクについては、警察は民事不介入ということで対応してくれませんが、事件性があれば話は別です。
警察に連絡すれば、そのバイクが盗難車でないか、何かの事件に関係がないか調べてくれます。事件性があるとわかれば警察の方で撤去してくれるので問題は解決します。
事件性がない場合で、バイクが一般的に廃棄物であるような状態なら自分で撤去しても良いですが、トラブルを避けたいなら専門業者を探して対応してもらうことをおすすめします。